نخست وزیر ایران در سال 1360 و از مبارزان دوران شاهنشاهی. او که دومین فرزند خانواده‌ای پیشه‌ور و پرجمعیت بود، در سال 1312 در «محله شهر» کرمان متولد شد. تعلیمات خود را در پنج سالگی از مکتبخانه آغاز کرد و در 10 سالگی به مدرسة علمیة معصومیه کرمان رفت و در 1323 رهسپار حوزة علمیه قم شد و نزد استادانی چون آیت ا... بروجردی، علامة طباطبایی و حضرت امام خمینی (ره) به فراگیری فقه، تفسیر و فلسفه پرداخت. در سال 1341 از طرف حوزه علمیه انتخاب شد تا برای تبلیغ و ترویج دین اسلامی به ژاپن مسافرت کند، اما وقتی برای فراگیری زبان انگلیسی به تهران آمد، مبارزات امام خمینی (ره) بر سر تصویب لوایح شش گانه شدت گرفته بود. همگامی او با امام (ره) در این راه، موجب لغو این سفر شد. او که در سال 1333 به صورت متفرقه در امتحانات پایان دورة متوسطه شرکت کرده و دیپلم گرفته بود، در کنکور دانشگاه پذیرفته شد و ضمن تحصیل دروس حوزوی، لیسانس و پس از چندی دکترای خود را در فلسفة الهی دریافت کرد.

در سال 1336، سالنامة «مکتب تشیع» را با همکاری آیت ا... دکتر بهشتی و علی اکبر هاشمی رفسنجانی منتشر ساخت، ولی این مجموعه پس از هفت شماره توقیف شد. چندی بعد دوباره توانستند آن را به صورت یک فصلنامه منتشر سازند. دقت آنان در انتخاب - مقالات که معمولاٌ به دست بهترین نویسندگان و متفکران نوشته می‌شد- باعث شد تا این نشریه طرفداران زیادی به ویژه در میان طلاب علوم دینی و جوانان دانشگاهی پیدا کند و تیراژ آن به پانزده هزار نسخه برسد که در آن زمان تیراژی کم نظیر و قابل توجه بود. باهنر برای نخستین بار در سال 1337، زمانی که ایران رژیم صهیونیستی را به صورت دو فاکتور (نیمه رسمی و بالفعل) به رسمیت شناخته بود، در آبادان دستگیر شد و در سال 1342 وقتی برای تبلیغ در ماه محرم از سوی حوزة علمیه به همدان اعزام شده بود، به خاطر سخنرانی تند علیه رژیم، بار دیگر به زندان افتاد. اعتراض گسترده و شدید مردم، ساواک را ناچار ساخت، تا او را آزاد کند، اما به محض بازگشت به تهران، بازداشت شد و تا اسفند ماه همان سال در زندان بود.

پس از آن، به دعوت آیت ا... دکتر بهشتی برای همکاری در تهیه و تدوین کتابهای دینی به آموزش و پرورش رفت و به اتفاق شهید بهشتی به اصلاح و بازنویسی این کتابها پرداخت. آنان با ایجاد تغییراتی در واژه‌ها و مفاهیم کتابهای دینی، روحی انقلابی و ضد رژیم به مدارس بخشیدند. کتابهای دینی و قرآن دوره‌های ابتدایی، راهنمایی و دبیرستان، روش تدریس دینی برای دانشسراها و تربیت معلم‌ها، از یادگارهای آن دوره از فعالیتهای اوست.

در کنار نگارش این متنها، مقالات و کتابهای دیگری نیز با زمینه‌های تربیتی و مذهبی تألیف کرد. تأسیس «دفتر نشر فرهنگ اسلامی» و «کانون تبلیغی، علمی توحید» و «مسجد الجواد» نیز حاصل همکاری او و دیگر همفکرانش بود.

باهنر بعد از ترور حسنعلی منصور در بهمن 1343، سعی کرد تا با تأسیس تشکیلاتی نیمه علنی در‌پوشش فعالیتهای اجتماعی، مسلمانان انقلابی را گرد هم جمع کند. ثمرة این کوشش‌«مؤسسه رفاه» بود که هدف آن در ظاهر ایجاد صندوق‌های قرض الحسنه و احداث مدارس بود.

در سال 1349، به همراهی آیت ا... مطهری، آیت ا.. طالقانی، سیدابوالفضل زنجانی، حجت الاسلام هاشمی رفسنجانی، یدا... سحابی و دیگران، در نخستین جلسة محفل «تدوین جهانبینی اسلامی» شرکت کرد. هدف از تشکیل این محفل، ارائه چهرة واقعی اسلام به جوانان و جلوگیری از نفوذ اندیشه‌های مارکسیستی و الحادی در میان آنان بود.

باهنر در سال 1350 ممنوع المنبر شد و در سال 1352 بار دیگر دستگیر و برای یک سال زندانی شد و پس از آزادی تحت نظر ساواک قرار گرفت. در سالهای 56 و 57، چند بار دستگیر شد و در جریان اوج‌گیری انقلاب برای تنظیم و رهبری اعتصابات به همراهی تنی چند از یارانش «کمیتة اعتصابات» را تشکیل داد.

در نوزدهم بهمن 1357 باهمکاری آیت ا... بهشتی، آیت ا.. سیدعلی خامنه‌ای، آیت ا... اردبیلی و حجت الاسلام رفسنجانی، «حزب جمهوری اسلامی» را تأسیس کردند. تهیة اساسنامه و مرامنامة حزب بر عهدة او بود.

شهید باهنر در اردیبهشت سال 59 به عضویت ستاد انقلاب فرهنگی در آمد و از سوی مردم کرمان به نمایندگی در مجلس خبرگان انتخاب شد. او در تشکیل «نهضت سوادآموزی» و در بنیان‌گذاری نهاد‌ «امور تربیتی» - به همراه شهید رجایی- سهم مهمی داشت. چندی نیز نمایندة مردم تهران در مجلس شورای اسلامی بود. در مهر ماه 1359 به عنوان وزیر آموزش و پرورش برگزیده شد و در پانزدهم مرداد 1360 به هنگام ریاست جمهوری شهید رجایی به عنوان سومین نخست‌وزیر جمهوری اسلامی انتخاب شد.

حجت الاسلام دکتر محمدجواد باهنر در ساعت سه بعدازظهر هشتم شهریور ماه 1360 به هنگام شرکت در شورای امنیت کشور، توسط بمبی که به وسیلة یکی از افراد گروهک ضد انقلابی منافقین کار گذاشته شده بود، به همراه شهید رجایی و چند تن دیگر به شهادت رسید.